Il capitano Maria è in ospedale: il figlio Riccardo è affetto da una malattia rara che attacca i muscoli.
Anche Yuri soffre della stessa malattia. I materiali tossici con i quali i bambini sono venuti a contatto potrebbero essere la causa della malattia.
Maria chiede a Riccardo e Yuri dove si trovano i container.
Annagreca e il fratello Vitaliano ritornano nella casa dei loro genitori. Annagreca prende un abito da sposa. Il tenente Enrico chiede ad Annagreca di non sposarsi con Tancredi Patriarca.
Enrico avverte Annagreca: Tancredi, prima o poi, la ucciderà. Annagreca vuole impedire che Tancredi sfrutti altri bambini. Enrico dice ad Annagreca di essersi innamorato di lei.
Annagreca informa Enrico dell’esistenza dello “Svedese” e poi gli dice addio.
Enrico vuole presentare domanda di congedo e informa il capitano Maria che non reagisce bene. Enrico le parla dei sentimenti che prova per Annagreca, del loro incontro e dell’esistenza dello “Svedese”: Maria chiede a Enrico di rinunciare momentaneamente alla domanda di congedo.
Il capitano Maria ha un mandato di perquisizione per i container. I container con il doppio fondo sono stati fatti sparire: per quanto riguarda il resto, è tutta merce contraffatta.
Maria giunge alla conclusione che Guido sia stato ucciso per questo motivo.
Anche Luce prega Annagreca affinché non si sposi. Annagreca, però, le dice addio.
Il maresciallo Racalbuto e la sua compagna prenderanno Tariq in affidamento per un anno.
Enrico ha scoperto il motivo della guerra tra i Patriarca e gli hacker.
Il capitano Maria riceve la visita degli avvocati dei clienti dei Patriarca: i periti hanno deciso che le merci non sono contraffatte e che, quindi, non procederanno ad alcuna azione legale contro la Nordic.
Maria giunge alla conclusione che ci sia un accordo tra i Patriarca e i suoi clienti per contraffare la merce.
Annagreca riceve la visita di Tancredi. Quest’ultimo mette in chiaro una serie di cose: ognuno di loro farà la propria vita, non avranno figli e lei abiterà a casa sua per salvare le apparenze.
Annagreca rinfaccia a Tancredi l’omicidio dei propri genitori.
Riccardo sta rispondendo bene alle cure ma anche Tariq è affetto dalla stessa loro malattia.
Enrico promette ad Annagreca di non lasciarla sola. I due si baciano.
Maria incontra Annagreca e le consegna un cellulare.
Enrico e Maria, tramite le telecamere, controllano lo svolgersi del matrimonio che si celebrerà lontano da tutti.
Annagreca si presenta al matrimonio con le mani insanguinate e una corona di spine.
Alla cerimonia, si presenta anche lo “Svedese”: Enrico e Maria riescono a fotografarlo tramite un drone.
Annagreca e Tancredi diventano soci a pieno titolo: questo è il regalo dello “Svedese”.
Annagreca e Tancredi sono diventati marito e moglie.
Il drone gestito da Enrico arriva fino alla casa dei Patriarca dove Annagreca è andata a vivere.
Filippo tranquillizza Luce sui sentimenti che prova per lei.
Enrico riesce a risalire all’identità dello “Svedese”.
Lo “Svedese” vuole brindare per la nuova alleanza con Vitaliano, prima di ritornare in Svezia, considerato anche che l’attività del porto è ricominciata normalmente.
Annagreca si spoglia davanti a Niko e quest’ultimo le chiede spiegazioni. Annagreca gli confida la paura di essere uccisa da Tancredi e gli chiede aiuto, seducendolo. Enrico ha visto tutto e reagisce male.
Un mandato di cattura internazionale viene emesso grazie al capitano Maria che ha scoperto che il porto viene utilizzato per vendere armi chimiche e che, per lo spostamento, vengono coinvolti bambini.
Niko promette ad Annagreca che ucciderà Tancredi.
Il capitano Maria assiste in diretta alla cattura dello “Svedese” ma l’uomo arrestato è un altro. Enrico, quindi, scopre che lo “Svedese” ha rubato un’identità.
Niko vuole sapere perché Tancredi abbia cambiato idea sugli affari di famiglia.
Durante un giro in automobile, Tancredi chiede a Niko di fermarsi. Appena Niko estrae la pistola per uccidere Tancredi, Niko viene ucciso da un terzo uomo.
Annagreca dice addio ad Enrico tramite il drone. Enrico reagisce, prendendo la macchina per andare da lei.
Luce informa la madre che vuole andare a vivere insieme a Filippo. Maria accetta a patto che Luce continui a studiare.
Il capitano Maria si reca nuovamente al porto, ordinando l’apertura dei container: all’interno, vengono trovati dei bambini vivi.
Tancredi ha scoperto che Annagreca ha sedotto il fratello. Annagreca si sveglia e scopre di essere stata legata.
Enrico è giunto alla casa di Patriarca: Tancredi gli apre i cancelli e poi gli spara. Enrico sembra essere morto.
Tancredi, quindi, procede con l’omicidio di Annagreca ma quest’ultima vuole sapere cosa gli ha fatto il padre.
Tancredi, in lacrime, libera Annagreca e le dice solamente che lui non sarà mai libero.
Poco dopo, Tancredi si toglie la vita.
Maria era stata informata del traffico di minori con un messaggio di Annagreca.
La mattina successiva, Annagreca riesce a scappare e trova Enrico ancora vivo. Enrico la prega di restare con lui ma Annagreca è decisa a fuggire.
La prima stagione de Il capitano Maria è terminata qui.