Il Commissario, la seconda puntata

Calabresi viene sollevato dalle indagini su Piazza Fontana, ma il commissario continua a seguire una serie di piste investigative che lo portano a una scoperta cruciale: il traffico di gelignite, l’esplosivo utilizzato per la strage, parte da Monaco di Baviera per arrivare in Veneto, al nucleo di Ordine nuovo, una formazione di estrema destra, e infine a Milano. L’ipotesi, formulata da Calabresi e dai suoi collaboratori, è che gruppi neofascisti abbiano causato la strage per aumentare la tensione nel paese e favorire un colpo di Stato. Quando Calabresi passa l’informazione ad Allegra, questi si limita a ribadirgli stizzito che le indagini non sono più di sua competenza.
Claudio, ancora infiltrato nel locale di Jurgen, scopre la vera identità di uno dei frequentatori, Ivan Rocchi, a sua volta informatore dei Servizi. Il giovane ha però un tallone d’Achille, fa uso di droga. Calabresi lo interroga e, minacciando di rendere nota a tutti la sua tossicodipendenza, lo convince che d’ora in avanti lavorerà anche per lui passandogli informazioni.
Claudio è insospettito dal comportamento di Jenny, che spesso si eclissa dal locale senza motivo. Forse è anche lei un’attivista anarchica? Per fugare i suoi dubbi Claudio la segue e scopre che la ragazza ha una figlia. Jenny gli confida le sue paure, non vuole che la figlia cresca in un contesto dove regnano l’odio e l’intolleranza, per questo la nasconde ai coetanei. Claudio e Jenny si ritrovano più vicini e sono pronti a vivere i loro sentimenti.
Intanto la morte di Pinelli divide l’Italia. Le indagini interne escludono responsabilità dei presenti e parlano di un malore o un suicidio dell’anarchico, ma le maldicenze sul conto di Calabresi aumentano a dismisura, e la stampa si scaglia ferocemente contro il commissario, accusandolo di tacere la verità sulle stragi di stato e ritenendolo responsabile della morte di Pinelli. Esasperato per le falsità riportate, Calabresi decide di querelare Lotta Continua, anche su suggerimento del dott. Manni, responsabile degli Affari interni del Quirinale, inviato a Milano da Roma per coadiuvare le indagini sulla strage.
Rocchi avverte Calabresi che è stata una mossa sbagliata: il commissario sta muovendo un attacco alla stampa libera e ormai l’opinione pubblica lo considera un nemico. 

Al battesimo del suo primogenito Mario, Padre Rotondi fornisce a Calabresi una rapida via di fuga per lui e la sua famiglia: richiederà il trasferimento al Quirinale. Calabresi ringrazia Padre Rotondi per la sua iniziativa, ma non ha intenzione di andarsene: ama il suo lavoro, l’ha scelto per vocazione e vuole portarlo avanti con coraggio. Calabresi non prende sul serio la possibilità di essere in pericolo di vita: ha sempre fatto il suo dovere nel rispetto della legge e della giustizia e non c’è motivo di temere per la sua incolumità.
Nel frattempo viene aperto un procedimento penale contro Calabresi per l’omicidio Pinelli in seguito alla denuncia della moglie, Licia Pinelli.
Gemma (Luisa Ranieri)  intanto scopre di essere di nuovo incinta, motivo per cui non è in grado di partecipare al fianco del marito alla prima udienza in tribunale. Presentatosi solo davanti alla Corte, Luigi si accorge con drammatica evidenza di come i compagni di un tempo lo abbiano abbandonato: solo il fedele Claudio e il collega Valentini restano al suo fianco. Il processo si svolge in un clima di aspra contestazione: il commissario non si sottrae a nessuna domanda, sperando di poter fare chiarezza una volta per tutte sulla vicenda Pinelli. Ad uno ad uno cadono tutti i capi d’accusa e Calabresi viene dichiarato innocente.
Le indagini su piazza Fontana conducono agli arresti di tre giovani neofascisti, Freda, Rauti e Ventura, a conferma che la pista imboccata da Calabresi era quella giusta.
Nasce il piccolo Paolo, il secondogenito di Gemma e Luigi, il commissario, sembra rianimarsi, ma gli eventi di quei mesi si susseguono a ritmo serrato: il 15 marzo 1972 un agricoltore lombardo trova sotto un traliccio dell’alta tensione il cadavere di un uomo. Calabresi vi riconosce subito Feltrinelli. Le indagini coordinate da Calabresi portano all’arresto dei gappisti dell’entourage di Feltrinelli e alla scoperta del loro covo in via Boiardo, dove la polizia trova un vero e proprio arsenale da guerra. Tra i documenti dattiloscritti rinvenuti nel covo c’è una lista nera di uomini da eliminare stilata da un nuovo gruppo eversivo, le Brigate Rosse: per la prima volta appare l’effige della stella a cinque punte. Tra i nomi dei bersagli da colpire c’è anche quello di Calabresi. Il successivo arresto del brigatista Marco Pisetta chiude il cerchio di quello che è un vero e proprio blitz anti-terrorista. Padre Rotondi rinnova a Calabresi l’invito a trasferirsi a Roma, ma Luigi ha ormai deciso: porterà a termine la sua missione, fino alla fine, costi quel che costi.
Intanto Gemma gli annuncia di essere in attesa del terzo figlio. 

Jenny nel frattempo scopre la vera identità di Claudio: la giovane cantante si sente tradita e, stanca di quell’ambiente, decide di partire con la figlia per Londra, lì crescerà la bambina e tenterà la carriera di musicista. Claudio per un momento è tentato di partire con lei, lasciandosi alle spalle il clima d’odio che sta rapidamente lacerando il Paese. Ma il giovane poliziotto ha ormai imparato la lezione del suo mentore ed è deciso a mettere in pratica gli insegnamenti e i valori che Calabresi gli ha trasmesso, solo così l’Italia potrà cambiare e tornare ad essere un paese normale.
Il 17 maggio 1972 Luigi Calabresi esce da casa, come ogni mattina, per recarsi in questura, quando viene raggiunto da due colpi di pistola alla testa. Morirà poco dopo, in ospedale, per sopravvenute complicazioni. La mattina del 19 maggio 1972 la sua bara è portata fuori dalla questura per consentire alla gente di renderle omaggio. È un bagno di folla: dai balconi piovono fiori, ovunque atti di ossequio.
Claudio saluta Jenny alla stazione: la ragazza capisce che il giovane poliziotto ha scelto di restare. Il ragazzo di Primavalle è diventato un uomo che ha fatto propria la lezione del suo maestro: non c’è libertà se si nega la verità, e la verità va perseguita, sempre, con il dialogo e la tolleranza.