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In questo contesto acquista notevole importanza il ritorno del direttore dello S.H.I.E.L.D. ovvero Nick Fury interpretato da Samuel L. Jackson. Ci sarà bisogno, infatti, di tutta la sua capacità per risolvere situazioni molto difficili e apparentemente inestricabili. Il suo intervento, gestito con perizia da Joss Whedon e dal suo gruppo di sceneggiatori, servirà a dare una svolta risolutiva alla storia raccontata.
L’emblematico agente segreto riuscirà a mettere il punto fermo e definitivo sui principali episodi che hanno interessato la stagione. A cominciare dalle vicende rocambolesche del film Captain America: The winter soldier in cui Nick Fury affronta l’HIDRA, la potentissima organizzazione criminale creata da Stan Lee per la Marvel che dà filo da torcere anche ai protagonisti di Agents of S.H.I.E.L.D. Ma l’agente segreto Fury, oltre l’HIDRA dovrà affrontare diverse altre questioni, tra le quali, una delle più importanti, sarà quella che gli consente di svelare il mistero sulla morte e sulla “resurrezione” dell’agente Coulson che lui custodisce gelosamente dal film The Avengers uscito nelle sale cinemografiche cinque anni fa.
La trama generale della serie verte su questi eventi principali: L’agente Phil Coulson, misteriosamente sopravvissuto allo scontro con Loki, ritorna in attività per mettere insieme e dirigere una squadra selezionata di agenti S.H.I.E.L.D. L’obiettivo è cercare di far luce su una serie di nuovi casi di origine soprannaturale che sono conseguenza dello stravolgimento arrivato sulla Terra in seguito alla comparsa dei supereroi.
Il personaggio di Phil Coulson, interpretato da Clark Gregg, è l’agente che gestisce la squadra e ha la supervisione assoluta di tutte le operazioni sul campo. Dietro la sua guarigione vi è un segreto che neanche lui stesso conosce. Il personaggio dimostra di essere molto legato ad ogni singolo membro della squadra, compresa Skye, e di avere un carattere che gli consente di prendersi alla leggera. Un esempio rappresentativo si ha nel corso della sua prima apparizione nella serie quando fa uno scherzo a Ward o quando viene rivelato che, per abbellire l’aereo della squadra, aveva ordinato un acquario insieme a Fitz e Simmons.
La serie rappresenta il primo prodotto live action realizzato dalla Marvel Entertainment, in collaborazione con gli ABC Studios.