Nel primo episodio la famiglia Medici si rifugia in campagna perché la peste è arrivata fino a Firenze e loro hanno timore di un possibile contagio. Le prime avvisaglie del terribile morbo si erano avute già alla fine nella prima puntata. Però Marco Bello (Guido Caprino) rimane a Firenze perché sta indagando sull’omicidio di Giovanni. È venuto a conoscenza di alcune notizie che sembrerebbero coinvolgere la famiglia Corona nel delitto. Poco dopo aver fatto irruzione nel loro palazzo ed aver scoperto che sono tutti morti a causa della peste, Marco e i suoi uomini si accorgono che si sta smontando la cupola pezzo dopo pezzo.
Ormanno Albizzi (Eugenio Franceschini) è riuscito a fomentare il popolo contro Cosimo (Richard Madden) e contro il suo progetto di voler costruire per forza una cupola accusandolo di usura. Quando il figlio di Giovanni de’ Medici viene a conoscenza di questa situazione, decide di ritornare a Firenze incurante della peste che imperversa e incurante addirittura nella situazione in cui si trova la madre Piccarda (Frances Barber) la quale a sua volta è stata colpita dal morbo. {module Pubblicità dentro articolo 2}
Cosimo riesce a salvare la cupola trasformando la costruzione in un lazzaretto che accoglie i malati di peste. Nel frattempo un’altra brutta notizia arriva per la famiglia Medici: oltre alla morte di Piccarda, muore anche il bambino che Lucrezia (Valentina Bellè) portava in grembo. Ed in questa drammatica circostanza Cosimo si sente depresso psicologicamente e commette qualche errore. Ne approfitta Albizzi per trovare un espediente che gli consente di arrestarlo e mandarlo a processo.
Nell’episodio dal titolo “Il giudizio” Albizzi accusa Cosimo di voler diventare il tiranno della città. Queste accuse vengono riferite dinanzi alla Signoria. La conseguenza è l’inizio del processo. A Palazzo Medici si discute sul da farsi e Lorenzo (Stuart Martin) pensa di intervenire con un’azione di forza. Dal carcere però Cosimo chiede a Contessina (Annabel Scholey) di corrompere un membro della Signoria. Tutto questo è finalizzato a conquistare voti per una sentenza a suo favore. Piero (Alessandro Sperduti) però si mette al lavoro nel tentativo di trovare prove che scagionino il padre dall’accusa di usura. La situazione peggiora a sfavore della famiglia quando Albizzi fa avvelenare il cibo che Cosimo mangia in prigione corrompendo il suo carceriere. {module Pubblicità dentro articolo}
A questo punto Lorenzo non indugia più e arriva alle porte di Firenze con un esercito: lui e il condottiero Francesco Sforza (Anthony Howell) minacciano di mettere la città di Firenze a ferro e fuoco se Cosimo non verrà immediatamente liberato.
Dalla galera dov’è confinato, Cosimo conosce tutti gli eventi che stanno accadendo e fa sapere di essere pronto a rischiare la sua vita per far sì che la sua famiglia non perda la città di Firenze. Ma Contessina contro il volere di Cosimo stipula un negoziato in base al quale Cosimo si salverà dalla pena di morte ma verrà spedito in esilio. Tutto questo in cambio del ritiro delle truppe.