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All’inizio della seconda puntata ci troviamo ancora a Buenos Aires. I militari di Videla continuano le loro incursioni violente anche nei palazzi di giustizia per mettere a tacere chi prova a libellarsi alla dittatura. Tra il popolo si è sparsa la voce che Bergoglio aiuta i cittadini ad acquisire nuove identità e scappare verso il Brasile. La chiesa invece, con il suo silenzio, è complice dello Stato. I desaparecidos continuano a crescere di numero ma Bergoglio riesce a mettere in salvo alcuni gesuiti arrestati e torturati per aver deciso di aiutare la gente comune.
Tra i dispersi c’è anche una vecchia amica di Bergoglio, Annamaria, tornata a casa con evidenti segni di violenza sul corpo. Grazie alle pressioni a livello internazionale infatti il dittatore è costretto a rilasciare alcuni dei presunti rivoluzionari ma la situazione, in Argentina, è ancora molto tesa. Molte le madri dei desaparecidos che formano gruppi di protesta con fiaccolate nelle strade. Tra queste c’è anche Ester, la madre di Annamaria e grande amica di Bergoglio. Appena ritrovata la figlia la donna viene arrestata durante una retata illegale e drogata.
Viene così mostrata la brutalità dell’esercito di Videla. Molti desaparecidos infatti, dopo essere stati drogati venivano caricati sugli aerei e dall’alto, lanciati nell’oceano, tra loro anche Ester.
Passiamo ad un nuovo periodo della vita di Bergoglio, con la fine della dittatura infatti il futuro Papa si trasferisce in Germania come studente di teologia. E’ il cardinale Quarracino a proporgli di diventare Vescovo di Buenos Aires, per richiesta diretta del Papa. Nonostante i primi dubbi, Francesco sceglie di accettare la proposta in modo di poter stare più vicino al suo popolo. I primo incarico è nelle favelas.
Bergoglio sceglie così di lavorare a contatto con i suoi concittadini, accompagnato dai parroci dei diversi quartieri che gli mostrano le difficoltà in cui vivono la maggior parte delle persone divenendo così mediatore tra la chiesa e le periferie. La fede di Bergoglio viene tenuta in secondo piano, molto più spazio viene dato invece alla storia dell’Argentina negli anni Ottanta e alla sua crescita come uomo. Viene mostrato così un sacerdote che sembra lottare solo contro la brutalità di uno Stato a cui la chiesa non sembra volersi opporre. La formazione del futuro Papa è quella della strada, la sua passione lo porta a stare sempre dalla parte dei più deboli, seppur con molte difficoltà.
Grazie anche all’aiuto del vescovo Quarracino, Bergoglio riesce a salvare il Barrio 31, un quartiere periferico che rischia di essere raso al suolo. Per il sindaco è un terreno con un alto valore economico, per Bergoglio invece hanno più valore le persone che ci abitano, così riesce ad organizzare un tavolo per la trattativa. Ma la polizia è pronta ad attaccare gli uomini in difesa delle loro case, così Bergoglio convince il vescovo a farsi aiutare e durante la celebrazione della messa nelle strade la polizia è costretta a cedere e a lasciare liberi i cittadini.
Intanto la tv parla dei desaparecidos. Mentre le famiglie cercano ancora i dispersi il dittatore non da risposte al popolo e sulle rive, la marea, inizia a riportare i corpi di chi è stato rapito ed eliminato. Jorge vuole giustizia, anche per la sua amica Esther che risulta tra i corpi ritrovati ma non può partecipare ai funerali perchè molti non hanno apprezzato la posizione assunta dalla chiesa durante le persecuzioni.
Ma in una mattina come tante, durante la colazione, Bergoglio scopre in tv della rinuncia di Papa Benedetto XVI. Il cardinale deve partire per Roma per partecipare al conclave. I suoi amici e i fedeli sono sicuri della sua elezione a pontefice mentre Bergoglio preferisce pensare di poter tornare a casa sua, in Argentina, per poter andare in pensione. L’idea di poter diventare pontefice sembra lontana da Bergoglio, preoccupato invece per una favela e per Padre Pietro, un giovane prete un po’ scorbutico. Accanto ai fedeli, Bergoglio ricorda il suo avvicinamento alla fede e al sacerdozio, grazie anche a Esther. Poi improvvisa una messa.
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Ma il momento del viaggio verso Roma è arrivato, poco prima di partire il cardinale chiede ai suoi fedeli di pregare per lui. Il Conclave può avere inizio. Fumata bianca. Il 13 marzo 2013 Jorge Bergoglio diventa Papa.
La puntata si conclude con il vero Papa Francesco e le sue prime parole alla folla emozionata di Piazza San Pietro.