Si parte dal riassunto delle puntate precedenti. Siamo in chiesa per il funerare dei tre membri della famiglia Melendez, uccisa in un agguato. Fuori dalla chiesa il commissario viene preso di mira da un giornalista, che se la prende anche con Mauro Licata, ricordandole come la sua fidanzata Elisa, gli abbia preferito proprio Maltese. I due successivamente si accordano per fare insieme un servizio a Palermo.
U nurmanno, entrando nella casa di riposo, riceve la conferma che agli anziani viene fatto firmare un contratto che cede le loro terre in cambio della permanenza nella struttura. Maltese intanto litiga con la figlia Noa, la quale è molto preoccupata per le notizie che apprende dalla stampa, e riceve un avvertimento: una gallina sgozzata davanti la sua macchina.
Il commissario accompagnato da Elisa (Rike Schmid) torna nella casa del padre. Intanto scopriamo che Francesco Melendez sapeva che sarebbe successo qualcosa al fratello. Anche senza mandato la squadra di Maltese si intrufola nello studio di Colaianni. La perquisizione è interrotta dall’arrivo di una banda di uomini che causa uno scontro a fuoco. Le sirene della Polizia fanno scappare i malvivente e la squadra del commissario anticipa l’arrivo dei colleghi.
Le indagini ripartono da una certa Laura Nitto e dalla paura che in commissariato ci possa essere una talpa. Avvertimento anche per il medico legale che ha fatto l’autopsia al padre di Maltese, a cui viene ucciso il cane. Ufficiale la collaborazione tra la dottoressa Montano e il commissario. Il Dottor Cavasino, impaurirto decide di partire, però prima chiama il giornalita Mauro Licata, per una cofessione.
L’uomo consegna al giornalista e alla fotografa un nastro con la sua confessione spontanea. Durante il ritorno i due subiscono un agguato: l‘uomo muore, la ragazza si nasconde nel bosco e si salva ma i malviventi riescono a portare via la registrazione. Il medico legale è sparito nel nulla. Elisa riconosce tra le foto dei pregiudicati uno dei responsabili dell’omicidio. Il malvivente ovviamente non collabora,
Nell’officina dell’uomo durante la perquisizione si trova una bolletta che porta la squadra all’arresto di Alessio Leone. Le prove sono contro di lui e così finisce in carcere. Leonci convoca la dottoressa Montano e le comunica che sarà trasferita. Il Procuratore infatti ha ricevuto lettere anonime che dimostrano il rapporto con Maltese. Il commissario è promosso Vice Questore a patto che si trasferisca in una altra città, ma l’uomo non accetta.
Laura Nitto è morta, ma una sua foto tessera fa capire al commissario che la donna in realtà è Angelina, la ragazza che ha avuto una storia con il padre. Maltese decide così di partire per Montreal. La figlia della donna non sa nulla dei terreni della madre e in merito al padre l’unica informazione che ha è che era un uomo di legge.
A ritorno dal Canada, in aeroporto, Maltese si accorge che c’è qualcuno ad attenderlo così prima si nasconde e poi scappa con un’auto rubata. Anche Elisa è tenuta sotto tiro. Arrivato a casa il Commissario vede degli uomini in casa e delle chiazze si dangue a terra. La ragazza è ferita in bagno, stessa sorte per l’uomo della scorta.
Il Commissario prima sorprende alle spalle uno dei due malviventi colpendolo alla testa e poi uccide in un conflitto a fuoco nel salotto l’altro bandito. Maltese collegando la frase scritta sulla lapide di Angelica a quella che gli disse Saura capisce che l’uomo è il vero padre della ragazza che ha incontrato in Canada e di tutti gli altri affari illeciti e di essere in combutta con la Mafia. Appena il poliziotto esce dal palazzo si udisce uno sparo: Saura si è tolto al vita.
Termina qui Maltese – Il diario del Commissario, l’ennesima fiction stagionale di successo di Mamma Rai.